1、流動相必須用HPLC級的試劑，使用前過濾除去其中的顆粒性雜質(zhì)和其他物質(zhì)(使用0.45μm或細的膜過濾)。 
2、流動相過濾后要用超聲波脫氣，脫氣后應(yīng)該恢復(fù)到室溫后使用。
3、不能用純乙腈作為流動相，這樣會使單向閥粘住而導(dǎo)致泵不進液。
4、使用緩沖溶液時，做完樣品后應(yīng)立即用去離子水沖洗管路及柱子一小時，然后用甲醇(或甲醇水溶液)沖洗40分鐘以上，以充分洗去離子。對于柱塞桿外部，做完樣品后也必須用去離子水沖洗20mL以上。
5、長時間不用儀器，應(yīng)該將柱子取下用堵頭封好保存，注意不能用純水保存柱子，而應(yīng)該用有機相(如，甲醇等)，因為，純水易長霉。
6、每次做完樣品后應(yīng)該用溶解樣品的溶劑清洗進樣器。
7、C18柱不能進蛋白樣品，血樣、生物樣品。
8、堵塞導(dǎo)致壓力太大，按預(yù)柱→混合器中的過濾器→管路過濾器→單向閥檢查并清洗，清洗方法：
①以異丙醇作溶劑沖洗；
②放在異丙醇中間用超聲波清洗；
③用10％稀硝酸清洗；
9、氣泡會致使壓力不穩(wěn)，重現(xiàn)性差，所以在使用過程中要盡量避免產(chǎn)生氣泡。
10、如果進液管內(nèi)不進液體時，要使用注射器吸液：通常在輸液前要進行流動相的清洗。
11、要注意柱子的pH值范圍，不得注射強酸強堿的樣品，特別是堿性樣品。
12、換流動相時應(yīng)該先將吸濾頭部分放入燒杯中邊振動邊靖洗，然后插入新的流動相中。換無互溶性的流動相時要用異丙醇過渡一下。