在分子生物學實驗中，我們通常需要分離純化特定分子量的DNA片段，用于接下來的實驗，比如酶切、連接的工作。下面主要介紹從瓊脂糖凝膠中回收DNA片段的原則和注意事項，其主要原則有兩項：

1、去除DNA樣品中的雜質：

瓊脂糖是從瓊脂中提取出來的，其中含有較多的酸根和羥基多糖。目前大多數級別的瓊脂糖中含有硫酸酯多糖，這種物質能抑制基因克隆中使用的多種工具酶的活性，如DNA限制性內切酶、連接酶等，在回收DNA時應盡量減少這些物質的污染。不管用哪種方法進行回收DNA，都會用到2.5 mol/L醋酸銨和乙醇沉淀，再用70%乙醇漂洗數次，這樣處理，可以有效地去除一些有害的有機分子和無機鹽沉淀。近年來瓊脂糖的質量大為提高，出現了如低熔點瓊脂糖這樣的產品，不但熔點降低，其中含有的對DNA工具酶有抑制作用的物質也很少，所以有些低熔點的瓊脂糖可以直接在其溶液中對DNA進行內切酶消化和DNA片段之間的連接反應。

2、提高DNA片段的回收率：

DNA的回收率與DNA片段的大小有一定關系，分子量越大，回收率明顯下降，大于20kb時，回收率低于20%。這是由于大的DNA片段和DEAE纖維素紙的結合力強，很難洗脫下來。DNA片段的含量也和回收率有較為密切的關系，量越少回收率越低。

回收DNA片段時應注意以下事項：

1、提高DNA上樣量；

2、減小DNA回收時的洗脫容積，若容積過大，可先用正丁醇進行濃縮；

3、正確選擇回收DNA片段的方法，根據回收片段的大小選擇適當的回收方法。